В алпийската част на парка големи пространства заема исландският лишей, срешат се около 162 вида гъби, консервационно , 9 от конверсационно значимите видове са включени в Европейския Червен списък и един вид в Бернската конвенция. Тук се срещат повече от 100 много ценни от природозащитна гледна точка вида. Висшите растения в парка са около 1400 вида, от които 71 са включени в Червената книга на България.От тях 19 са ендемични, като пет са локални и се срещат само в парка. Растения които могат да бъдат видени само тука и на отделни места на Балканския полуостров са златиста кандилка, балканска камбанка, бала мура, рилска иглика, рилски ревен, светиивановото подрумиче. Съхраняват се около 230 вида лечебни растения.
Тук се намират едни от най-ценните в Европа и единствените в света масиви от цар борисова ела и рилски дъб. Съхранени са и най-старите в света, неповлияни от човешка деност, гори от бяла мура
Самото изложение на Рилската долина позволява едно уникално разположение на видовете по надморска височина и смесване на насажденията от дъб, бук, ела, смърч, тис, бяла мура, черен бор, липа, чвор, ясен, бреза,клек, сибирска хвойна и др.
На територията на община Рила се намира защитената територия - Резерват "Риломанастирска гора" ,с площ 3 676 хктара,обявен през 1986 г., Той е част от горската територия със средна възраст на повечето дървесни видове над 160 год.( за България тя е 45 години) . Горите от бор, бук и мура са на повече от 200 а отделни дървесни видове достигат до 300 години.
|