Сините очи на природния парк са неговите езера.На територията на парка попадат 28 планински и високопланински езера, най-гоемите, от които са циркусни и имат ледников произход. Най-значими за водния баланс на територията са Горно и Долно Рибни езера, Смрадливото езеро, Синьото езеро, Черното езеро, Дяволски езера, Манастирски езера и Сухото езеро.
Рибните езера са две - Горно и Долно. Горното Рибно езеро е по-голямото и заема площ от 176 дка , а средната му дълбочина е 4.4м. Площта на Долното Рибно езеро е 131.5 дка, а средната му дълбочина е 2.8 м. Разликата във височината между двете езера е 15м.
Дяволските езера са седем, разположени на юг от главното Рилецко било в Дяволския циркус, отводняван от р.Дяволска, ляв приток на р.Рилска. Най-високото езеро се намира на западния склон на вр.Рилец. Най - голямото е разположено на източния склон на вр. Теодосиеви караули и е с водна площ 14.6 дка. Две от езерата са наречени Седефени, тъй като дъната им са покрити с мраморни плочи. На 2 379 м. надморска височина се намира язовир "Калин", което го прави най-високо разположения изкуствен басейн у нас и на Балкнския полуостров.
|